Большие потери, которые начали нести бомбардировочные эскадры гитлеровцев после массового появления в военно-воздушных силах СССР и его союзников новых пушечных истребителей, вынудило командование ВВС Германии срочно начать модернизацию своей ударной авиации. Фирме «Юнкерс» было приказано добиться улучшения лётно-тактических данных основного фронтового бомбардировщика «Ю-88» и на его базе разработать и запустить в серийное производство новый бомбардировщик, обладающий более высокими боевыми качествами.
Во второй половине 1942 года на аэродроме испытательного центра в Рехлине начались лётные испытания сразу двух опытных фронтовых бомбардировщиков «Ю-188» с двигателями «БМВ-801D» воздушного охлаждения и «Ю-188» с двигателями «ЮМО-213» жидкостного охлаждения. Эти самолёты стали прототипами нового серийного бомбардировщика «Ю-188В» с двумя двигателями воздушного охлаждения «БМВ-801 D-2» мощностью 1740 л.с.
В дальнейшем фирма «Юнкерс» выпустила ещё несколько модификаций этого самолёта: бомбардировщик «Ю-188А», разведчик «Ю-188D», ночной истребитель «Ю-188R», с усиленным вооружением (четыре пушки калибра 20 мм или две пушки калибра 30 мм); высотный истребитель с герметичной кабиной «Ю-188S» с двигателями «ЮМО-213». До конца войны было построено 1076 самолётов «Ю-188» различных модификаций. Модификации отличались друг от друга взлётным весом, составом бортового оружия и оборудованием кабины.
Наибольшее количество «Ю-188» было выпущено в бомбардировочных вариантах «В», «А» и «Е-1». Это были цельнометаллические монопланы с обычным однокилевым хвостовым оперением. Фюзеляж типа монокок. Его передняя часть представляла собой большую остеклённую кабину, в которой размещались все члены экипажа: лётчик, штурман, стрелок-радист и стрелок. Крыло площадью 56,2 м2 с работающей обшивкой. Элероны и закрылки щелевые. На левом элероне ставился триммер. На варианте пикирующего бомбардировщика под крылом монтировались воздушные тормоза в виде решёток из двух металлических труб и реек.
Боевая нагрузка «Ю-188В» две тонны. Вес пустого самолёта 9500 кг, нормальный взлётный - 12200 кг, перегрузочный до 15000 кг. Максимальная скорость бомбардировщика «Ю-188В» до 520 км/час на высоте 6100 м, крейсерская — 375 км/час. Посадочная — 160 км/час. Практический потолок — 9450 м.
Самолёты «Ю-188А» выпускались с жидкостными двигателями «ЮМО-213» мощностью 1776 л.с. Хотя бомбардировщики этой модификации обладали лучшей аэродинамикой, их максимальная скорость из-за большего взлётного веса (нормальный 14530 кг) даже на наивыгоднейшей высоте (6250 м) едва достигала 420 км/час. Но дальность полёта с нагрузкой 1500 кг была больше — до 2480 км. Часть «Ю-188А» была переоборудована под торпедоносцы и активно применялась для атак союзных конвоев в Северной Атлантике и в Баренцевом море.
Бортовое вооружение бомбардировщиков состояло из одной пушки калибра 20 мм, двух пулемётов калибра 13 мм и одного — калибра 7,92 мм.
Советские и английские лётчики, прикрывавшие конвои от атак с воздуха, довольно быстро изучили особенности новых фашистских бомбардировщиков и торпедоносцев. Это помогло им вести эффективные бои с ними, особенно при взаимодействии с кораблями, охраняющими конвой.